Finita l’era del commercio e della supremazia marittima, i Reggenti della Repubblica di Venezia si dimostrarono lungimiranti nel rivolgere la loro attenzione all’entroterra dando incarico al veronese Pietro Arduino, professore di Botanica a Padova, di eseguire un’indagine sullo stato della campagna veneta.

Egli presentò una relazione che descriveva le condizioni di arretratezza dell’attività agricola, sottolineando l’utilità di istituire in ogni città dello Stato un'Accademia di agricoltura, cui affidare l'incarico di studiare e trasmettere ai contadini le più efficaci tecniche agronomiche. Fu così che la Serenissima fondò nel proprio territorio accademie di agricoltura, con il compito di "occuparsi con buoni metodi e assiduo impegno sui modi di trarre dalla terra qual maggior frutto che rispettivamente alla diversa natura del suolo può essa somministrare [...] e ammaestrare e dirigere i villici e i proprietari terrieri in tutto il dominio veneto".

Istituita nel 1768 a Verona, con due lettere Ducali, l'Accademia di Agricoltura seppe in breve imporsi quale massima istituzione culturale in città. Nei primi dieci anni dalla sua nascita si distinse per gli studi sulla bonifica delle Grandi Valli Veronesi e della strada che da Verona portava in Lessinia per gli approvvigionamenti di legname.

L’Accademia si assicurò il sostegno economico di Venezia e l'assegnazione di una sede prestigiosa, insieme ad una ricca biblioteca e ad un museo. Ebbe la fortuna di annoverare tra i propri soci, per statuto esponenti della nobiltà "affezionati ed esperti della materia abitanti in città", alcune personalità dotate di ingegno, mezzi e iniziative così, mentre la maggior parte delle Accademie finì per estinguersi, quella veronese trova vita ancora oggi nel circuito cittadino.

Sotto il dominio austriaco, l'Accademia veronese non perse le proprie prerogative, ma non fu più in grado di impegnarsi nella progettazione e realizzazione di grandi opere, così che i suoi soci si dedicarono prevalentemente alla ricerca, in particolare nel campo della tassonomia botanica e zoologica: accumularono una ricca collezione di reperti naturalistici, che andò ampliandosi sempre più, finendo per costituire il primo consistente nucleo di quello che diverrà, poi, il Museo di Storia Naturale di Verona.

Molti accademici si distinsero, inoltre, nella lotta contro l'occupazione austriaca: tra questi, in particolare, Carlo Montanari, martire a Belfiore, Aleardo Aleardi e i conti Antonio Scopoli e Pietro Emilei.

Con la riconquista della libertà e l'annessione all'Italia, l'Accademia attraversò un periodo di grande fermento, in cui si moltiplicarono iniziative, studi, ricerche e pubblicazioni per il miglioramento dell’agricoltura veneta. Nacquero periodici specializzati, come il Giornale Agrario Industriale e il Giornale Agrario Veronese nonché L'Ape Italiana, la prima rivista nel bel paese dedicata all’apicoltura.

Furono indetti bandi di concorso, allestite mostre, assegnati premi e promosse iniziative didattiche, quali la Scuola Domenicale d'Agricoltura e la Cattedra Ambulante d'Agricoltura. Furono fondati e patrocinati consorzi all’avanguardia, fra cui l'Associazione Agraria dell'Alto Veronese e la Società Enologica. L'attività accademica si fece frenetica e rivolta a tutti i settori dell'agricoltura e dell'allevamento, ma non mancarono studi su problemi di attualità, quali l'emigrazione, lo sviluppo della rete ferroviaria, la canalizzazione delle acque dell'Adige, la difesa dalle alluvioni, il rimboschimento, lo sviluppo industriale.

Da una cinquantina d'anni, la sede dell'Accademia è ospitata nel bellissimo palazzo settecentesco Erbisti, con la sua austera sala delle adunanze, la preziosissima biblioteca e il ricco archivio. Ogni anno pubblica il frutto della proprie attività nella propria rivista Atti e Memorie. 

E' editrice, inoltre, di varie monografie fuori serie e degli atti dei convegni che organizza. Svolge anche attività convenzionate con la Regione Veneto, con enti pubblici o società private e lo Stato Italiano la riconosce quale istituto di rilevanza nazionale.